Norske Kvinners Sanitetsforening er bygget opp av lokale sanitetsforeninger med underavdelinger. Hvert fylke velger en fylkesleder og et fylkesstyre.
Fylkeslederne sitter i organisasjonens landsstyre, som er organisasjonens høyeste myndighet mellom landsmøtene. Landsmøtet arrangeres hvert 2. år.
Landsstyret består av sentralstyret og de øvrige fylkeslederne som representerer hvert sitt fylke. Leder for landsstyret og organisasjonens øverste leder er Sølvi Lundgaard.
Sekretariatet er organisasjonens administrative apparat.
